税务代理的一般程序按其性质大体可分为三个阶段：即准备阶段、实施阶段、代理完成阶段。
准备阶段是纳税人、扣缴义务人向税务代理机构提出税务代理时，税务代理机构要对要求代理方的有关情况进行调查，在此基础上确定是否接受该项代理业务。双方在充分协商取得一致意见后，签定委托代理协议书，约定代理内容、代理权限和代理期限。税务代理机构在受理某项代理业务后，应确定税务代理风险，编制税务代理计划、安排实施代理工作。
实施阶段是税务代理全过程的中心环节，其工作是按照代理计划，根据委托代理协议书约定的代理事项、权限、期限开展工作。
代理完成阶段是实质性的代理业务结束，此阶段的工作主要是整理代理业务工作底稿，编制有关表格，并将有关资料存档备查。