归档文件的整理原则，可概括为“遵循文件的自然形成规律，保持文件之间的有机联系（计划与总结，安排与汇报，关于干部任免、工资、退休的，通知，思想工作，关于教育，文化、宣传品质，关于经济的，关于生产的，关于农业工作的），区分不同价值，便于保管和利用”。与传统立卷原则相比较，两者是基本规律客观存在的。文件整理归档的目的，是将机关职能活动中形成的，能反映出机关基本活动面貌的文件材料保存下来，以便今后和历史研究查考。因为条件的变化，具体整理方法可以不同，但都必须遵循归档文件整理的基本规律，才能达到便于保管和利用的共同目的。
1、遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系。
文件的形成不是任意的，而是伴随着各机关，团体和社会组织的职能活动产生的，有其自身规律和特点。不同的机关，尽管其职责和业务范围各不相同，但各项职能活动总是存在着各方面的联系，所形成的文件之间自然有一定规律，这种规律也就是文件之间有机联系的具体表现。文件之间的这种联系职能反映出机关职能活动的历史面貌，同时也符合人们查找利用档案的心理预期，为检索提供了线索。因此，进行归档文件整理工作，必须遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系（一个会议形成的文件材料就是有机联系的整体，归档时应该按期限放在一起，批复与请示应该放在一起，装在一个盒内）。
2、区分不同价值
不是所有办理完毕的文件材料都需要整理归档，而是要依照《机关档案归档与不归档范围》和《文书档案保管期限表》的规定，区分归档范围不同文件价值，划定不同保管期限。对于保存价值大，保管期限长的文件，重点整理和保管；对保存价值小，保管期限短的文件，根据条件区别对待（这次全市文书立卷改革工作考虑到这因素，保存的用硬纸盒，长期的则用软纸盒，短期的用卷皮装订）；对无保存价值的，不须归档的文件，则可以销毁。通过将不同价值的文件区别整理，可以合理使用人力，物力、财力和时间，同时不同价值的文件经过整理后相对集中，为日后档案进行保管利用，以及到期移交进馆也提供了方便（例：一个会议的形成文件材料，虽然他们之间有机联系，但必须区分不同价值，会议、通知、日程表，领导讲话、工作报告等属于保存，会议上的纪录、简报、交流材料、典型材料属于长期保存，会议的小组记录，事务性文件属于短期保存）。
3、便于保管利用
这是归档文件整理基本的原则，也是检验归档文件整理方法实用性的标准。执行文件级整理，正是新形势下对这一原则的合理发挥。在整理原则中，遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系，区分不同价值。是手段，“便于保管和利用”则是终目的。从根本上说，二者是相互影响，相互制约的关系，任何片面地强调某一方面，忽视甚至无视另一方面的做法都是不可取的。有的地方有的部门采取取消分类，排列时不强调事由，不区分保管期限。完全按归档文件形成时间或文号对归档文件进行排列，依靠计算机进行检索。这种做法从目前能够满足利用需要，但由于档案间缺乏逻辑联系，以及同一事由或问题的档案被分散到多个档案盒中，从长远看，特别是对档案移交进馆之后，将会给系统利用档案带来很大困难。因此，在处理类似问题时，要坚持以便于保管利用为出发点，具体情况具体处理，才能更好地实现文件整理目的。