曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。
北京协和医院风湿免疫科被业界称为中国风湿病学科的“黄埔军校”。1979年，在“中国风湿病学之父”张乃峥教授的带领下，北京协和医院成立了中国蕞早的风湿免疫学组，翻开了中国风湿病学事业的崭新篇章。四十余年来，在几代协和风湿免疫人的辛勤奋斗下，科室蓬勃发展，引领并见证了我国风湿病学事业从无到有、自小变大、由弱变强。
北京协和医院风湿免疫科从建科时仅有3张病床的小科室发展到今天，协和风湿免疫科已拥有68张病床，年收治患者1500例次以上，年门诊量逾12万人次，不仅注重系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等常见风湿性疾病的规范诊治，更强调对少见风湿性疾病、风湿性疾病重要脏器损害以及风湿性疾病严重并发症的综合诊治，追求更精 确的诊断、更细致的评估、更有效的治 疗效果。