公司章程可以约定印章的使用规则，但由于章程仅对内有约束力，如果相对人是善意的，即使印章的使用违反章程，合同也有效。但是，违反章程使用公章损害公司利益的人需要对公司承担赔偿责任。
原子印章：印迹清晰、永不褪色、自带印油、使用方便， 可用万次，不可加油。适用于各类部门章：如发票专用章、合同专用章、业务专用章、报关专用章及其他工作用章等，不适用银行印鉴印章。紫、红、蓝、黑、绿五种颜色。
电子印：又称光敏印，采用照相成型原理，利用光敏印垫这种特殊材料，通过曝光制作成表面印面。无须印台，字迹较原子印略次，印迹干涸时间短，自带印油，使用方便，用完可反复加油使用。不适用于发票专用章、合同专用章、业务专用章等各类印章。紫、红、蓝、黑、绿五种颜色。不适用银行印鉴印章。紫、红、蓝、黑、绿五种颜色。
在法律实践中，公司股东常常因为争夺公司控制权而对公司印章占有和使用产生争议，甚至为此反目成仇。公司股东认为公司印章的持有人可能损害公司利益的，只能依照公司法和公司章程的有关规定，依法召开股东会临时会议，以股东会决议的形式，更换公司法定代表人，进而产生新的公司印章持有人。